PyMOL - Download

Хорошие вещи

Блин, мультик-режим просто дикий. Вы загружаете PDB-файл — скажем, белок с шипами коронавируса — и внезапно эти беспорядочные цепочки превращаются в гладкие спирали и листы. Это похоже на наблюдение за тем, как белок сворачивается в реальном времени. А трюк с прозрачностью? Вы можете сделать поверхность белка полупрозрачной и действительно видеть молекулу лекарства, находящуюся внутри связывающего кармана. Это золото для презентаций или статей. Я использовал ее, чтобы показать профессору, как мутация нарушает ключевое взаимодействие. Она сказала, что это самая четкая визуализация, которую она видела за весь семестр. Кроме того, возможность писать сценарии на Python — это скрытая жемчужина. Я написал быстрый скрипт для автоматического окрашивания остатков по заряду, и вот, готово. Никаких кликов по меню в течение 20 минут.

Не очень хорошо

Да, это бесплатно, и это потрясающе, но интерфейс еще не устарел. Это похоже на что-то из 2008 года: множество меню, загадочных команд и отсутствие всплывающих подсказок. Если вы еще не знакомы с молекулярным моделированием, первый час будет сплошным разочарованием. Документация также скудна. И хотя он обрабатывает множество типов файлов, открытие некоторых объемных карт может привести к его сбою, если ваша система не очень мощная. Кроме того, нет встроенного учебника. По сути, вас забрасывают в самый глубокий конец. Так что, если вы просто ищете быстрый просмотрщик 3D-моделей, возможно, это не для вас. Это для людей, которым нужна точность, а не удобство.

Итог

Если вы изучаете биохимию, структурную биологию или даже просто пытаетесь понять структуру белка для урока, PyMOL — Download for Mac стоит каждой секунды установки. Это некрасиво, это непросто, но это точно. И это бесплатно. Так что, если вы не делаете базовую домашнюю работу, пропустите кликбейт-приложения и сразу приступайте к этому. Это реальная сделка.