PyMOL - Download

Итак, вы смотрите на файл PDB, пытаясь разобраться в структуре белка, и ваш мозг кричит: «Что это вообще такое?» Именно тогда я обратился к PyMOL. Это не броско, но черт возьми, если это не превратит беспорядочные молекулярные данные во что-то действительно читаемое. Я работал над проектом, связанным с вирусным белком-шипом, и PyMOL позволил легче увидеть, какие части обнажены и как они складываются. Вращение и масштабирование в реальном времени плавные, а рендеринг с трассировкой лучей? Да, эти тени и отражения делают ваши окончательные изображения подходящими для документов или презентаций.

Хорошие вещи

Система окраски — это то, где PyMOL действительно сияет. Вы можете выделить определенные остатки — скажем, все гистидины в каталитическом сайте — с помощью одной команды. Я использовал опцию цвета «по цепочке», чтобы разделить субъединицы в комплексе, и вдруг структура больше не была просто каплей. Это щелкнуло. А измерительные инструменты? Суперточный. Я дважды сверил длину и угол связи с опубликованными значениями, и они идеально совпали. Кроме того, написание сценариев на Python меняет правила игры. Я написал быстрый скрипт для автоматического создания боковых изображений белка под разными углами — сэкономил мне часы. Параметры экспорта поддерживают PNG, PDF и даже анимацию, поэтому вы можете без проблем добавлять их в слайды или отчеты.

Не очень хорошо

Ладно, давайте будем честными: интерфейс… поначалу пугает. Когда открываешь его, создается впечатление, будто ты зашел в чью-то лабораторию без лабораторного халата. Никакого держания за руки. Но, честно говоря, как только вы покопаетесь минут 15, это начнет обретать смысл. Тем не менее, новички могут заблудиться, если не будут следовать инструкциям. На самом деле полезного встроенного меню справки нет — только ссылки на документацию, в которой предполагается, что вы уже знаете, что такое «мультяшное» представление. И хотя он бесплатный, кривая обучения означает, что он не подходит для повседневного использования. Если вы просто хотите один раз просмотреть молекулу и двигаться дальше, ArgusLab (который также бесплатен) может оказаться более дружелюбным. Кроме того, он не оптимизирован для сенсорных экранов или слабых компьютеров — мой старый ноутбук заикался во время интенсивного рендеринга.

Итог

Если вы занимаетесь образованием, исследованиями или изучаете молекулярную биологию, вам обязательно стоит приобрести PyMOL — Download for Windows. Он бесплатен, оснащен множеством инструментов, за которые большинство приложений платят, а качество результатов находится на высшем уровне. Просто рассчитывайте потратить некоторое время на то, чтобы разобраться в этом. Для тех, кто серьезно работает с белками или небольшими молекулами, это один из лучших бесплатных инструментов. Пропустите это, только если вы просто просматриваете сайт или вам нужно что-то очень простое. В противном случае? Загрузите его. Позже вы скажете себе спасибо.